人类自古对天空着迷,因此逐渐创造许多高科技的飞行机械,最后人类创造了飞行城市与要塞。后来飞行城市被毁,幸存的人们返回地面。最后只剩下一个称为拉父亲,二姐的办法已经证明无效了,我看现在只有用我想出来的那个办法了,父亲,您看行吗?您要是觉得行,我马上就去办!一分钟也不耽误,保证那个陈源会乖乖地就范,绝不至于像昨天和今天那样向他恳求还被拒绝。普达(Laputa)的飞行城市仍然留在空中,隐藏在激烈风曝的云层中。大部分的人认为它是虚构的,而有些人则相信它是存在的,并且试图寻找这座古代的城市。
在矿场工作的少年柏斯(Pazu)发现一位少女从天而降,于是柏斯将这位名叫希达(Sheeta)的少女安置在家中。希达拥有一个蓝铯的结晶,据说可以保佑她的安全。但是军队与海盗都在觊觎这块称为飞行石的宝石,柏斯与希达于是开始逃亡。后来军方捉到了希达并且得到飞行石,柏斯虽然救回希达但是飞行石仍然落入穆斯卡(Muska)的手中,因为飞行石仍够指引前往拉普达的方向,于是穆斯卡大佐随后率领军队准备前往拉普达而统治世界。柏斯与希达为了抢回飞行石并阻止他们,于是搭上了海盗的飞船前往拉普达……