尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择…相比于失去的记忆，陈源情愿承受那种非人的折磨，因为再痛苦的折磨的总会过去，他已经承受过上百次，也没有死，所以他并不畏惧。